De acordo com o Tribunal Regional do Trabalho de São Paulo, sim, a empresa pode definir quantas vezes o funcionário vai ao banheiro durante sua jornada diária de trabalho.
Essa foi a decisão no caso de uma funcionária que entrou com ação por danos morais contra a empresa por, segundo ela, limitar o acesso ao banheiro e não permitir que utilizassem mais do que 3 vezes a cada 6 horas. A empresa alegou que essa frequência foi determinada com base em artigos médicos.
A empresa também alegou que a empregada não trouxe nenhuma declaração médica que justificasse ela ir ao banheiro mais vezes do que o permitido.
Com base em todas as alegações, a justiça determinou que a empresa pode sim definir a quantidade de vezes que o funcionário usa o banheiro, logo, NÃO cabe dano moral.
Fonte: https://ww2.trt2.jus.br/noticias/noticias/noticia/definicao-de-idas-ao-banheiro-pelo-empregador-nao-gera-dano-moral-a-empregada